第三内科は福井県内外に多くの関連施設(病院)があり、大学病院と連携して充実した臨床研修を行えるシステムを構築しています。これらの病院では第三内科同門の指導医が要職についており、一般内科から各専門領域に渡って熱心で丁寧な指導が行われます。これらの関連病院のうちいくつかは、大学病院同様、高度専門技術を学び、専門医や指導医を取得できるような指導体制が整備されています。また、大学病院における研修中でも下記の関連病院(クリニック)などで非常勤医師として外来研修を行うことが可能で、地域の実地臨床を学ぶことができます。
第三内科と各関連病院とは年一回同門会・関連病院懇親会を行って、医局員、特に女性医師の待遇や、研修内容、共同研究などについて情報交換を行い、一丸となって質の高い研修指導、並びに高度医療が行えるよう工夫しています。
多数の関連病院にて研修可能です。