小児科の専門領域部門ごとに独立して研究を行うだけでなく、研究テーマによっては相互に協力しあい研究を進めています。
免疫・アレルギー・感染部門：
小児アレルギー疾患、原発性免疫不全症、小児膠原病の病因・病態の解明と新規治療法の開発
内分泌・代謝部門：（詳細）
内分泌・代謝疾患の遺伝子診断や遺伝子治療に関する研究、有機酸代謝異常症や脂肪酸酸化異常症の質量分析計による化学診断、新生児マススクリーニングによる早期発見・早期治療
血液・悪性腫瘍：
血液・悪性腫瘍に対する化学療法、造血幹細胞移植、遺伝子診断や治療効果の評価
未熟児・新生児：
慢性肺疾患の病態生理、病的新生児の水・電解質調節の病態生理、未熟児貧血や骨減少症の病因の解明と治療、病的未熟児・新生児の障害無き発育の追求
神経・発達・心理：
乳児健診、てんかん、脳性麻痺、心身症や学習障害などの診療と治療法の開発
